1. "Aftershocks" - Dowódca Cobry pozwala wycofać się żołnierzom G.I.Joe, jednak napięcia między nimi a wojskami Cobry są tak duże, że dochodzi do kilku incydentów, jak np. walka między Zaraną i Lady Jaye. Tymczasem dr. Mindbender umieszcza ciało Serpentora w lodzie, zaś dowódcę Cobry informuje, że Serpentor zostanie bankiem organów. Po powrocie do Stanów, Hawk oraz jeden z generałów udają się do Pentagonu, chcąc się dowiedzieć kto i dlaczego podjął decyzję, że wojska G.I.Joe mają wspomóc w walce oddziały Serpentora. Okazuje się, że ważniacy z Pentagonu postanowili chronić własne tyłki i zwalili całą winę za akcję na wyspie Cobra na Hawka i generała, którzy zostają aresztowani. Razem z nimi aresztowany zostaje także ich ochroniarz - Road-Block, który na rozkaz Hawka ucieka z transportu, żeby ostrzec pozostałych żołnierzy o zaistniałej sytuacji. Tymczasem Baronowa ujawnia Destro, że człowiek w przebraniu dowódcy Cobry to nie dowódca tylko Fred VII...2 "Zapłata" - Do Waszyngtonu przybywają wszyscy żołnierze G.I.Joe, którzy nie zostali jeszcze aresztowani. Ich celem jest uwolnienie i oczyszczenie z zarzutów Hawka i generała. W tym celu przypuszczają atak na szpital psychiatryczy, w którym zostali zamknięci ich dowódcy. Udaje im się ich uwolnić, jednak okazuje się, że Pentagon przewidział taki rozwój wydarzeń i w szpitalu była przygotowana zasadzka. Gdy już się wydaje, że sprawa jest przegrana, pojawia się Destro, który jak się okazuje wie doskonale kto naprawdę stał za decyzją o włączeniu G.I.Joe do działań na wyspie Cobra. A ponieważ dysponuje na to dowodami, więc bubki z Pentagonu muszą przyznać się do swoich błędów. Okazuje się, że Destro postanowił ratować honor Hawka, ze względu na szacunek jaki do niego żywi...

"Cisza" - Kolejna historia, w której bohaterowie nie wypowiadają ani słowa. Snake-eyes zostaje przewieziony do kwatery głównej Cobry, gdzie zostaje poddany bolesnemu "drenażowi mózgu". Tymczasem wiadomość o jego kłopotach dociera do Storm-Shadowa, który wyrusza z misją ratunkową. Równocześnie z taką misją wyrusza Scarlett. Oboje dostają się do kwatery głównej. Tymczasem psychika Snake-eyes`a okazuje się być zbyt silna dla urządzenia i niszczy je. Wykorzystując zamieszanie, Snake-eyes ucieka. Po drodze spotyka się ze swoimi przyjaciółmi i razem pokonują wszelkie przeszkody. Wkrótce Snake-eyes powraca do bazy G.I.Joe cały i bezpieczny... 2. "Nierówny sojusz" - Pojawienie się Destro w swojej siedzibie w Szkocji, uświadamia G.I.Joe jak wielki błąd popełnili sądząc, że zginął. Jednak jego "zmartwychwstanie" ma swoje dobre strony, bowiem posiada on prawdopodobnie szkice schematu Terro-Dromów. W domu na Destro czeka niemiła niespodzianka. W progu czeka na niego... Destro, a raczej jakiś oszut podszywający się pod niego. Prawdziwy Destro trafia do aresztu, z którego uwalnia go oddział G.I.Joe. Żołnierze oferują mu propozycję - pomogą mu odbić jego zamek za szkice. Po pokonaniu ochrony, Destro rozprawia się ze swoim dublerem. Okazuje się, że jest to człowiek Serpentora. To wzbudza w Destro jeszcze większą niechęć do samozwańczego przywódcy Cobry. Destro dotrzymuje obietnicy i przekazuje G.I.Joe szkicie Terro-Dromów.

"Intrygi i szlaki" - Nowy oddział G.I.Joe właśnie sprawdza swoją wartość bojową, walcząc przeciwko swoim kolegom korzystającym ze sprzętu Cobry. Zaraz potem otrzymują zadanie. Mają się udać w rejon, gdzie widziano Dreadnoków. Tymczasem Dradnoki mile spędzają czas strzelając do celu i zdobywając pieniądze poprzez urządzanie seminariów pod tytułem "Jak szybko zdobyć majątek nie mając kapitału i umiejętności". Wieczorem, wracając do domu, nie mogą się powstrzymać i demolują bramki przy wjeździe na autostradę. Tuż za nimi pojawia się drużyna G.I.Joe i rusza w pościg. A za nimi policja, która ma już dość ciągłych walk wojska. Dreadnoki nie mają jednak czasu na żadne potyczki, gdyż muszą się spieszyć by przywitać pierwszych osadników w nowej wiosce Cobry - Broca Beach. Do walki jednak dochodzi, ale wtedy wkracza policja i wszystkich aresztuje. 2. "Totalna selekcja" - W jednym z obozów treningowych G.I.Joe trwa selekcja i trening kandydatów do jednostki. Trening ten to nie zabawa. Może wykończyć nawet najlepszych, gdzyż przewidziano w nim takie atrakcje jak np. robienie pompek przez cały czas, gdy sierżant je śniadanie, forsowne biegi po całej okolicy, czy oglądanie 6-cio godzinnego filmu instruktażowego. Każdy kto nie wytrzyma, zacznie narzekać lub chociaż zaśnie podczas filmu natychmiast wraca do domu. Gdy już zostaje tylko kilkudziesięciu kadetów, sierżant wymyśla nową "zabawę". Walka na kije. Po skończonej walce tylko trzech żołnierzy nadal może ustać na nogach. To właśnie oni zostają przyjęci do oddziału. Jeszcze tego samego dnia kończy się ich mordęga - mogą się wreszcie najeść do syta, nie muszą już wszędzie biegać i mogą się wyspać. Jednak w nocy zostają obudzeni, gdyż muszą odeprzeć atak androidów Cobry. Oczywiście i to zadanie udaje im się wykonać, jednak nie mają pewności, czy był to tylko kolejny egzamin, czy też naprawdę walczyli z Cobrą...

1. "Kosmiczna bitwa" - USA wystrzeliwuje nowego satelitę. Już podczas pierwszych prób jego działania, wykrywa on niezwykłe fale. Ich źródłem mogą być Terro-Dromy Cobry. Gdy Cobra dowiaduje się, że jej sekretny plan może zostać odkryty, zostaje podjęta decyzja o rozpoczęciu działań mających temu zapobiec. Fred, nie chcą ujawnić, że nie ma pojęcia o co chodzi zgadza się dowodzić misją. Chwilę później gorzko żałuje swojej decyzji, bowiem okazuje się, że misja ta to podróż wachadłowcem Cobry na orbitę okołoziemską i zniszczenie nowego satelity. Gdy tylko rakieta startuje, G.I.Joe ogłasza alarm i wystrzeliwuje swojego wachadłowca. Dochodzi do potężnej bitwy kosmicznej, jednak Cobrze udaje się zniszczyć satelitę. Obie strony wracają na Ziemię. Tymczasem grupa ninja, która ma na celu uratowanie swoich uwięzionych przyjaciół w Borowii, zaciąga się do wędrownego cyrku, żeby w ten sposób przekroczyć granicę Borowii.2. "Atak Ninja" - Po kilku tygodniach wędrówki wraz z cyrkiem po Borowii, ninja odnajdują wreszcie swoich przyjaciół w jednym z obozów pracy. Tego samego dnia, nocą przedostają się do obozu, gdzie pokonują kilku strażników i rozdają broń więźniom. Zamieszanie wywołane w ten sposób umożliwia im bezpieczne wyprowadzenie Stalkera, Quick-Kicka i Snow-Joba. Pozostaje tylko wydostać się za granicę. W tym pomaga im ekipa cyrku, wykorzystując popisowy numer z wystrzeliwaniem ludzi z armaty. Dzięki temu G.I.Joe dostają się do Austrii...

1. "Życie obozowe" - Będąc na urlopie, Snake-Eyes i Scarlett nie mogą pogodzić się z tym, że Pentagon zabronił przeprowadzenia akcji ratunkowej żołnierzy schwytanych w Borowii. Wracając z plaży spotykają tajmniczego ślepca, który prosi, żeby zaprowadzili go do miasteczka. Wybierają drogę na skróty przez pole. Zapominają jednak, że pole to zostało dawno temu... zaminowane!! Cała trójka ginie w wybuchu. A raczej tam mają myśleć ich przyjaciele - Flint i Lady Jaye. Tymczasem Billy zostaje przedstawiony Hawkowi, zaś Fred VII w stroju dowódcy Cobry wynajmuje łódź od kapitana Minha, który podejmuje się dowieźć go na wyspę Cobra. 2. "Dowódca Cobry... powraca!!!" - Łódź z Fredem i kapitanem Minhem na pokładzie zbliża się do wyspy Cobra. Zostaje zaatakowana przez ochronę powietrzną wyspy i wtedy Fred wskakuje do Mamby (pojazd latający) i opuszcza łódź na chwilę przed zatopieniem jej, pozostawiając Minha na pastwę losu. Wkrótce potem ląduje na wyspie i przedstawia się wszystkim jako dowódca Cobry. Budzi to oczywiście sprzeciw Serpentora, który wierzył, że pozbył się tego kłopotu. Okazuje się, że Fred jednak nie wiedział wszystkiego. Nie przypuszczał, że ktokolwiek wie jak wyglądał prwadziwy dowódca. A tą osobą jest Baronowa. Ponieważ wszyscy domagają się sprawdzenia, czy ich dowódca naprawdę wrócił, więc Fred musi zdjąć maskę. Baronowa postanawia nie wydać go w ręce żołnierzy i oznajmia wszystkim, że Fred jest prawdziwym dowódcą. Tymczasem Snake-eyes, Ślepy Mistrz, Scarlett, Jinx i Billy docierają do granicy Borowii...